Beide unterscheiden sich in der Art, wie sie E-Mails abrufen:

• IMAP belässt alle E-Mails auf dem Server. Dadurch kannst du von mehreren Geräten auf die gleichen E-Mails zugreifen. Wenn du eine E-Mail sendest, ist das ebenfalls für all deine Geräte ersichtlich.
• POP3 lädt E-Mails auf das Gerät herunter, das du für den Abruf nutzt. Je nach Einstellung werden die E-Mails auf dem Server dabei gelöscht.